Ubicada en el Casco Antiguo de la Ciudad de Panamá. Inicialmente se encontraba en el primer emplazamiento de la ciudad, llamado hoy día Panamá Viejo. Tras el ataque de los piratas y consecuente destrucción de la ciudad, la fachada en piedra de este templo fue trasladada pieza por pieza a la nueva ciudad hacia el año 1680.

La presencia de los Religiosos de la Orden de la Merced en Panamá se compendia en dos etapas: La primera comenzó acompañando al grupo de descubridores españoles en 1519 concluyendo hacia 1825. La segunda se inició en 1980 y continúa en nuestros días.

Esta trayectoria mercedaria en tierras panameñas tiene características peculiares, en cuanto entre los primeros frailes misioneros llegados a estas tierras del Continente estuvieron los mercedarios.Hubo desde los comienzos algunos rasgos que caracterizaron y continúan caracterizando la presencia de los religiosos mercedarios en Panamá, sembrando la Buena Semilla del Evangelio. Son abundantes estos escritos de la época colonial española conservados en el Archivo General de Indias (AGI) de Sevilla, España, que hablan de esta presencia y de su estilo. En ellos se consolida la memoria histórica mercedaria, no sólo en Panamá sino también en toda Hispanoamérica.

De 1861 hasta la fecha de su designación como parroquia, son escasos los datos de que se dispone, al igual que desde esta fecha hasta 1903. Lo que sí sabemos es que hasta fines del siglo XIX se mantenía el templo casi en su forma original, y que en 1875 había sido designada sagrario de la Catedral. Posterior a esta fecha, los párrocos de turno fueron restableciendo el culto y, según sus gustos y posibilidades, ambientaron el espacio del edificio religioso.

El templo de Nuestra Señora de la Merced fue declarado monumento histórico nacional mediante el Decreto 672 del 26 de noviembre de 1956. También forman parte del complejo monumental dos estructuras separadas de la iglesia: la capilla de la Virgen y el Mausoleo.

Posterior a un incendio del 1963, se perdieron valores originales arquitectónicos del templo como el coro y el altar mayor. Las reparaciones realizadas en la estructura, aunque necesarias, se hicieron con el conocimiento limitado en el campo de la restauración, desentonando con el valor arquitectónico del templo.

Los mercedarios regresaron a la iglesia el 21 agosto de 1983; en 1986 adquirieron la propiedad adyacente al templo para adaptarla a las necesidades religiosas y pastorales actuales. Esta obra se inauguró en 1990. En 1991, compraron también la propiedad contigua a la calle 9.a.

En el 2009 se construyó el museo sobre la sacristía del templo de La Merced, que guarda objetos de culto, un gran nacimiento y el archivo parroquial más antiguo de la ciudad.

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